很难用一句话来概括秦晓鹰的思想风格，但用排除法，则可以如他自己所说，我这个人没有霸气、没有小气、没有酸气、没有邪气，可能还有一点锐气。且不说他在1979年到1989年扔出的一系列重磅思想炸弹多么振聋发聩，他从那时以后的文章也一篇比一篇精彩入味。

    人们一定还记得1996年在中国风起云涌的“说不”思潮，秦晓鹰也加入了“说不”的行列。是他在第一时间意识到“神州反美情绪的发酵”，以一种理性的态度把《中国可以说不》介绍到海外，并热情地为续集《中国还是能说“不”》写了序言。人们看到此时的秦晓鹰以更多的理性来看待中国知识分子在政治感情上的煎熬和发会性泄：“生活中的不幸者在回眸一生时常常这样叹息：我的失败就在于不会说‘不’。生活中的幸运者在评判人生时总是如此总结：我的成功就在于随时敢于说‘不’。不，无疑是拒绝；但这种‘不’所拒绝的并不是真理。因此，正确的、没有偏见的‘不’本身就是真理，至少具有真理的成分，具有真理的轨迹。”

    秦晓鹰是新时期中国第一个提出“社会主义民主少数原则”的学者。传统的民主是多数原则，即少数服从多数。但秦晓鹰认为，社会主义要想发展，还要遵循另一个原则，就是少数原则，保护少数人的意见，因为少数人的意见有可能是正确的。从“有可能正确”变成“正确”，中间有一个探索与印证的过程。社会应给它一个机制，让它发出一个声音，并让这种声音始终存在，只不过它不能是最强大的声音，不能成为主导。这样，一旦出现社会政治需要转化的契机的时候，这个声音就有可能变化为主要的声音，这时所有的人就能迅速来理解。如果让这个声音消失的话，要使它再出现，那么付出的代价就太大了，而这种代价常常是不可挽回的。所以社会必须建立一种机制，使少数人在行为模式上不能成为主导，但在思想上必须存在。比如“实践是检验真理的惟一标准”是多年前争议不休的一个问题，现在如果有人反对这个论断，那它不能成为社会的主流，但应该让这样的声音存在。但是不要忘记所有的真理都有时代局限性。他说，维护经过实践检验过的真理，不等于一切现实都是合理的机械唯物论和庸俗史观。

    曾经有一个长期研究秦晓鹰的学人发现秦晓鹰是一个难以用一句话概括的人，在思想上你也很难把他划为左派或右派。他无限忠于党，但常是个思想锋芒犀利的人；他与高层政界、理论界过从甚密，也对民间思潮知根知底并且戮力维护。这使得极具个性的他，不盲从、不胆怯，敏锐又理性，忠诚而无私。

    2003年5月，在《实践是检验真理的惟一标准》的文章发表25年的时候，秦晓鹰在《中国财经报》上发表了《思想解放的三座里程碑》的评论文章，鲜明指出“三个代表”的重要思想是“新时期思想解放运动的第三座里程碑”。

    他说，25年前，《实践是检验真理的惟一标准》这篇檄文吹响了中国思想解放的号角，也是这篇文章引发了一场关于真理标准的大讨论、大争论。这篇文章针对林彪、“四人帮”加在人们身上的精神枷锁，针对十年动乱中盛行的蒙昧主义、唯心主义和文化专制主义，针对“两个凡是”，旗帜鲜明地指出，科学无禁区，真理的标准不能到主观领域内去寻找，不能到理论领域内去寻找，它只存在于千百万人民的社会实践中。

    秦晓鹰认为，《实践是检验真理的惟一标准》所引发的大讨论与邓小平在当年12月所做的《解放思想，实事求是，团结一致向前看》的讲话，为我们党把中心工作转向经济建设奠定了牢固的思想基础和广泛的社会群众基础，也由此拉开了中国改革开放这一新的历史时期的序幕。他把它们称为我国新时期思想解放运动的第一座里程碑。

    他把邓小平1992年