秦晓鹰1994年从中宣部调入国有资产管理局，任宣教中心主任，后任《中国资产新闻》报总编辑；1997年4月起担任《中国财经报》社长兼总编辑。

    《中国财经报》是中华人民共和国财政部主办的在财政经济领域的权威性日报。它重在宣传我国以财政、金融为主的经济政策，报道和评述世界财经动态、市场行情以及世经热点新闻，在财政、经济、贸易等领域深受欢迎，发行量在首都发行的500家报纸中居第四名。

    这是秦晓鹰学术上步入经济领域后的一个转折点，为此他享受国务院有突出贡献专家特别津贴。于是也有人把他列为“中国五十个经济学家”之一。

    对于别人称他是经济学家，秦晓鹰颇为不安。在他看来，他只不过像许许多多的中国知识分子一样，是中国经济发展的一个关注者和参与者，在经济学上谈不上有任何建树，只是感到大有做好经济宣传工作之必要和紧迫罢了。而事实上当组识部门决定让他主持《中国财经报》时，显然考虑过他对中国经济发展有着相当成熟的理解，对中国的经济改革有着强烈的责任感和巨大热情。

    且不说他在1979年发表的那篇有关列宁新经济政策的论文的影响多么深入人心，其后他的许多有关中国经济改革的建议也同样发人深省。

    早在1988年，秦晓鹰在《经济学周刊》上对中国政治和经济发出耸人听闻的警示：中国在政治上和经济上有两个“遗产”该告别20世纪了，一个是“政治巨人”的遗产，另一个是人改造自然的神话。

    从历史上看，20世纪工业化的巨大摧毁力量造就了世界“政治巨人”，如毛泽东、斯大林、罗斯福、丘吉尔，甚至小国也有卡斯特罗、纳赛尔等。秦晓鹰认为，“巨人政治”的社会基础是英雄传说，神话和英雄是同时出现的，农耕社会与工业化同时存在，使得“政治巨人”有着神一般的强大；而这应该是20世纪的产物，在即将进入新世纪的时候，人们对英雄主义的崇拜应该停留在过去的时代。“巨人政治”的消失“说明人类的价值取向正在发生着质的飞跃，由一个人主宰一群人的时代进化到了每个人都来主宰自己命运的时代”。

    秦晓鹰还认为，随着巨人时代的结束，人改造自然的神话也应该结束。他看到，在物理学和现代力学出现之前，自然在改造人，人要适应自然，所以出现了三种生活方式：一种是采摘，出现在非洲；一种是农耕，出现在中国；一种是渔猎，出现在欧洲。但他同时发现，当生活条件的反作用出现的时候，人类将受到惩罚；同时，一旦人自以为其能力与自然力形成对称式抗衡的时候，产生的最强烈的愿望就是改造社会。在秦晓鹰看来，人与自然应该是和谐相处的，人类在20世纪初所抱有的征服自然的信念和所作所为，其结果必将导致大自然对于人类的毫不留情的惩罚。

    在这里，秦晓鹰其实是阐释了人与自然的“可持续发展”的话题，而此时是距今15年前的1988年，4年后，中国可持续发展才被提上议事日程。

    秦晓鹰到了《中国财经报》后，一直关注中国经济最敏感的三个方面：农村税费改革，地区收入平衡，国有企业发展。

    1998年12月，中央首次提出“走出去”的思想。一个月后秦晓鹰就以“走出去”为题，组织了大规模的采访，领全国新闻界之先。1999年他又组织了大规模的采访西部“北中国万里行”活动，为开发西部大造声势。此项活动比2001年后全国媒体开始大规模报导开发西部早两年。

    为了引起社会对东北工业的关注，他在《中国资产新闻》和《中国财经报》都开辟一个系列长篇报道专栏，名曰“共和国长子”，报道共和国第一个五年计划中的东北老工业基地的历史和现状。此专栏的开辟比2002年以后