2000年4月19日，也就是中国政府“台湾问题”白皮书发表一个多月后，余克礼一行6人应台湾政治大学国关中心邀请对台湾进行访问，没想到这次学术访问却引爆一场“余克礼风波”。

    余克礼此次来台前曾于1983年5月和1995年11月两次到台湾考察访问。1999年10月间台湾政治大学国关中心向余克礼发出邀请并决定了次年的行程。由于余克礼是《一个中国的原则与台湾问题》白皮书的主要起草人，又被视为中央政府对台工作的重要智囊，且此行正值台湾领导人交替之际，因此深受瞩目，成为媒体采访的焦点人物。

    面对台湾记者的穷追不舍，余克礼就两岸关系发表谈话。他说，当前两岸关系的发展，卡在台湾新领导人对“一个中国”原则的态度上。如果陈水扁接受一个中国原则，两岸什么问题都可以谈，两岸的前途也是光明的，包括“三通”、经贸交流等都可迎刃而解；但如果不接受一个中国原则，两岸关系的前景是不容乐观的。

    余克礼称，大陆的“一个中国”原则很清楚，“台湾问题”白皮书中也有详细阐述，“不管台湾领导人怎么变，大陆方面不会改变这项基本原则；两岸发展方向必须统一，大陆12亿人民和台湾绝大多数民众，也会支持两岸走往统一方向”。

    他认为，北京在1979年提出“和平统一”的对台方针，是基于国民党时期蒋氏父子坚持“一个中国原则”的基础；同时，北京在1978年底与美国建交的公报中，美国也支持“一个中国”政策。

    余克礼对陈水扁的应有表态提出两个期待：一、作为台湾的新领导人应该公开说他是中国人，到目前为止，还不曾听见陈水扁说过；二、即中国只有一个，台湾是中国一部分。他强调这两个是“基本点”，都要有一个态度，否则，只谈其他改善两岸关系的言论，却在发展两岸关系的基本原则前提上予以回避，效果将是有限的。

    余克礼阐述中央政府的“一个中国”原则被台湾支持“台独”的媒体视为一种强硬态度。谈话第二天，台湾3家晚报的头版头条新闻就登出了余克礼的谈话内容。此后台湾“立法院”、政治人物、报章舆论开始围攻余克礼。

    “副总统”吕秀莲通过台湾媒体，恶毒咒骂余克礼有关台湾新领导人应认同自己是“中国人”的讲话是“放肆”，并坚称，如果中国大陆坚持一个中国是中华人民共和国，那么台湾人当然就不是中国人，而是华人。

    她指摘大陆中央政府说要对陈水扁“听其言、观其行”，其实是放烟幕弹，情报显示中国在东南沿海地区已经加强军力的部署，同时，9位中国重要领导人分别访问20多个国家，把台湾问题变成国际问题。

    与此同时，国民党发言人胡志强说，余克礼在台湾的发言，完全是一副“天下都是我的家的样子”；“陆委会”副主任委员林中斌竟煞有介事地说，虽然台湾社会是自由开放，但对于“余先生最近在我们这里的所作所为，我们觉得做客人的还是应有做客人之道”。

    部分支持“台独”的媒体和个人还对余克礼作出猛烈抨击，甚至以他的名字大作文章，指他名为“克礼”，但却是不知“克”己复“礼”，在台湾的行径有如泼妇骂街，建议当局对他下逐客令。

    一幅刊登在有“台独”倾向的报章上的漫画，以余克礼及吕秀莲间的争论作为题材。画中，满脸怒气的吕秀莲指着被丑化成野兽、张着大口的余克礼说：“中国的‘叫兽’（教授）来了！”

    余克礼在大陆并非高官，只是一个学者，仅仅在台湾表明了中央政府对两岸关系的原则和立场，就遭到如此炮轰和恶毒攻击，许多人深感困惑。

    但消息人士透露，大陆学者余克礼在台湾受到不公平的对待是跟吕秀莲与大陆结怨有关。