之后，柳川平助也立即改变部署，下达了《丁集作命第五十号》：

    以第一一四师团从宜兴沿溧阳、溧水公路进至溧水北方地区，然后准备沿着溧水至南京大道路向南京南部方向攻击前进；第六师团沿广德、定埠、洪兰埠公路，进入溧水西部地区，然后准备沿着溧水西北方向约二十五公里的横溪桥镇通往南京的道路，向南京南部方向攻击前进；国崎支队沿广德、郎溪公路进占太平，尔后渡江迂回至浦口附近，切断南京守军北退之路；第十八师团经宣城向芜湖进攻，切断南京守军西退之路。

    之所以这样部署，是在12月2日凌晨于设立在湖州的军司令部接到方面军关于攻克南京的命令后，柳川平助觉得这个命令与自己的设想有着过大的分别。丁集团最初决心进击南京之际，判断可以在12月5日占领南京，但由于在广德一线遭到抵抗，故而追击受挫，不得不推迟了很长时间。

    柳川从这次收到的方面军关于攻克南京的判断，占领南京的日期大概预定在12月15日。之所以这样判断，是因为柳川认为虽然第10军只在湖州附近停留了1个星期左右，但是中国军队因此有了更充足的准备时间来加固阵地。而且就《丁集作命第五十号》而言，收到《中方作命第二十五号》尽管意味着华中方面军司令部及中央省部首次同意可以攻克南京，但方面军意图不是一举追击到南京，而是仍然让上海派遣军进入磨盘山脉西部地区，让第10军进入溧水附近，为攻取南京作准备。但是第10军意图却是如11月18日、19日的命令那样，是要一鼓作气追至南京并夺取之。在这一点上，方面军与第10军作战指导的根本思想是有着很大的差异。但柳川也很清楚，对于第10军来说，虽然非常遗憾，但也毫无办法，于是下达的《丁集作命第五十号》也仅仅是命令进入到溧水附近，作追击的准备。

    正如柳川平助的判断一样，此时中国军队还在增加南京卫戍军的兵力。12月初，国民政府从第三战区、第七战区先后调集11个师的兵力，会同第36师、第87师、第88师、中央军校教导总队加强南京防御力量。此时，南京卫戍军的总兵力基本达到15个师，约10万人。

    其中德式师的精锐——第36师、第87师、第88师和教导总队是作为内廓防御的主力，但是这些部队经过淞沪会战的损耗，有的进行过四五次兵员补充，接受过德式训练的精兵所剩无几，平均只占部队员额的20%至30%，总体战斗力与开战之初已不可同日而语，最多只及开战时的四五成而已。

    由于国民政府一直希望德国能从中斡旋，所以特意改变将唯一的装甲部队——装甲兵团撤往湖南的计划，选择将装备17辆德制pzkpfw1-a型轻型战车（即I式a型）的第3连留在南京，增强南京的作战力量。当日军突破锡澄线阵地时，最高统帅部留在南京的作战组返回了武汉统帅部，故而蒋介石令第三战区副司令长官顾祝同收容从淞沪战场撤下的部队并率司令长官部暂去扬州，自己坐镇南京。

    同时为了加强南京的防守力量，从正向浙、皖、赣边区转移的第三战区部队中留下9个师，并从武汉第七战区部队中调来两个师。到12月初，第三战区的部队均已到达南京，而从武汉调来的第2军团先头团也到达南京。第16军团长罗卓英在吩咐以由参谋长代行军团长职后，也即将到达南京就任卫戍军副司令长官，而第36师、第87师、第88师的补充旅也已经建立，故而此时南京卫戍军的兵力及指挥建制均已经成立。

    南京卫戍军司令长官唐生智，副司令长官罗卓英、刘兴下辖徐源泉第2军团、叶肇第66军、邓龙光第83军、王敬久第71军、孙元良第72军、俞济时第74军、宋希濂第78军、桂永清教导总队、宪兵副司令萧山令指挥的宪兵部队3个团、邵百昌