下令突围之后，江阴要塞炮兵立即以火力掩护步兵向武进方向突围，直至12月2日零点开始，方才破坏要塞炮台，而后准备渡江，从靖江向镇江要塞撤退。同时命令江防舰艇运载总司令部人员由长江退往南京。随后江阴炮兵以硫酸、炸药等物开始实施破坏作业，一直持续到清晨5点多，当江阴要塞司令许康在各个山头检查完破坏作业的时候，日军战车已经到了黄山脚下。随后，江阴要塞官兵搭载轮船，撤往靖江。

    而步兵撤退就不是这样幸运了，由于撤退仓促、计划不周，部队秩序相当混乱，加上突围的途中遭到日军的猛烈阻击，所以多数部队未能按照预先的命令行动。第112师师长霍守义及部分人员经靖江撤往镇江，第112师第672团等则沿江岸退至镇江。

    而第103师开始向西转移，到达江阴城时，得知第112师与由无锡方向来攻的日军激战三天后，已奉命转移，因此第103师处于腹背受敌的情况。这种情况下，第103师只好连夜撤退，可当部队撤到江阴城西之钱家村时遇到日军的埋伏，日军以密集火力封锁西撤道路。黑夜中，第103师官兵中弹伤亡者极多。第618团团长万式炯当即下令，从赵旭第3营挑选勇敢官兵20余人，组成突击队，绕小道到夏港，实施奇袭。由于攀上民房压顶的敢死队员突然从屋顶向日军扫射，并投掷手榴弹，将日军机枪火力点消灭，使日军措手不及中发生混乱，这样第103师方得以顺利突围。

    突围后的第103师到达申港露营，天明时得知第613团团长罗熠斌阵亡，师长何知重、参谋长王雨膏及已负伤的第615团团长周相魁、团副李益昌中校则脱离部队，在黑夜混乱中由黄田港渡江，向江北漠口方向转移了，全师在这场战斗中死伤官兵数百余人。师长、参谋长均脱离队伍跑了，士气低落的第103师只得由副师长戴之奇率领绕道江边，经奔牛，退至镇江。

    在守军撤退之后，日军第13师团及混成骑兵队于12月2日，占领江阴要塞。与此同时，第18师团占领丹阳，第9师团占领金坛。同一天，第3师团在苏州开始集结，第10军所属第114师团攻占溧阳。

    自从11月30日，日军第18师团、国崎支队联手攻占广德以来，南京被日军合围的形势已经无法避免了。鉴于这种情况，日军参谋本部第一部开始研究正式攻占南京的问题。实际上，在下令废除追击终止线的那时候起，第一部长下村定少将开始再三地说服参谋次长多田骏中将，要求向南京进攻。但是多田骏并没有同意，这是因为考虑到近卫内阁处理中国事变的政略要求。

    而就在参谋本部内开始叫嚷着进军南京的时候，第10军、上海派遣军等作战部队又开始一再促请考虑攻占南京。而华中方面军司令部更是下令将无锡-吴兴一线作为第一线，使部队向前进攻。在这种情况下，第一部长下村定少将给华中方面军参谋长冢田攻少将发去了电文：“攻占南京，本部有坚强的决心，现正逐步进行审议，在未裁决之前，敢请先有了解。”

    而华中方面军方面则复电“顷阅贵点，已可放心，当踊跃以赴，以符尊意”。在接到华中方面军电文之后，下村第一部长更是坚定了向多田次长申诉意见的决心。11月29日，下村定更是起草了作战指导纲要明确全盘计划，阐述了攻取南京的理由，并将这份已经制定好的作战指导纲要向多田骏次长作说明。虽然犹豫，但最终多田次长同意了第一部制定的作战纲要，于是南京攻略命令正式被提出。

    12月1日，根据《大陆命第七号》，日本陆军参谋本部下达了华中方面军战斗序列令，由华中方面军司令部、上海派遣军、第10军共同组成华中方面军，华中方面军司令官为松井石根大将。由于之前只是组成命令，而这一次是下达的战斗序列令，所以日本方