朝军几乎全军覆没，日军控制了制海权。8月1日，14000日军三路进攻全罗道，正好赶上明军进驻全罗、忠清。大将杨元率3000人守卫南原，但寡不敌众，2700余人战死，杨元负伤。

    8月19日，明军除守卫稷山外全线退至汉城，日军占领了全罗道全部地区。李舜臣重新被任命为三道水军节度使，但此时他手中只有12艘船和120名士兵而已。于是李舜臣整顿了残余部队，在碧波亭水域悄悄准备恢复实力。

    9月7日黑田长政10000人分攻稷城和舒川，被明将解生打败。这时明将邢玠和麻贵统兵四万和朝鲜权粟元帅会师，大举南进。丰臣秀吉情知不妙，加上李舜臣又在鸣梁海峡以少胜多，大败日水军，所以日军连忙战略后撤，令加藤清正守蔚山、小西行长守顺天、岛津义弘守泅川，形成沿海要点的守备态势。

    联军经过侦察，决定先进攻只有两万人的蔚山。12月23日午夜，明军三路直捣蔚山，李如松交战后佯退，会同友军消灭了500余日军。正在监督西生浦的加藤清正连忙返回蔚山，亲自守城。明军连续四天猛烈强攻，仍旧没有攻下城池，其间加藤清正也难以支撑，就送信给明军乞求讲和，被拒绝。双方僵持之时，西生浦13000多日军赶来增援。1598年2月9日，明军屡攻不下，被迫撤退。

    蔚山战役后，双方都调整了战略。秀吉眼见反攻无望，只得继续确保防线，在朝鲜南部站稳之后再蚕食朝鲜。而明军虽经蔚山惨败，但主力未损，而且国内又派陈遴和邓子龙的水军前来助阵。所以明军开始同时进攻三座要塞：蔚山、泅川、粟林。同时明水军和李舜臣的联合舰队控制了南朝鲜海权，切断了日军的退路。这时候在朝日军只有6万人，而中朝联军则有11万之众，明显占有优势。

    8月18日，征战一生的丰臣秀吉因为朝鲜战争的失利，在气急败坏中病死于伏见城中。临死前遗命退兵。这对朝鲜的日军无疑是雪上加霜。小西行长进退不能，再次提出和谈，并再度遭拒，只能坚守城堡，等待援军。

    9月20日，中朝联军水陆并进，向小西行长驻守的顺天进攻，同时明军还袭击了晋州。一直到10月2日，顺天仍未被攻破，而袭击晋州的明军已经占领晋州，以近3万人的强大兵力攻打泅川。本来战况顺利，但不料明军火药库突然爆炸，结果全军大乱，又遭日军追击，伤亡高达800多人。

    到了11月，日军的承受能力已经达到极限，小西行长再次准备厚礼送至李舜臣营中，希望和谈，还是遭到拒绝。绝望的小西行长向岛津义弘求救，岛津于是集结近500艘船，企图冲破联军防线，打通回国的渠道。在露梁海面，与陈遴、李舜臣的水军展开最后一次大规模水战。战斗中李舜臣、邓子龙先后战死，但岛津的舰队也被歼灭了200多艘。

    12月上旬，日军全线后撤，幸亏日本国内派兵救援，方屈守一隅，联军因为李舜臣之死而变得迟钝，日军终于大部分勉强撤回了日本。日本的这轮单挑无功而返。

    战争结束后，朝鲜在汉城建了“大报坛”以感谢明朝相救，之后明军回国，朝鲜对明的感激之情甚至持续到了清初。

    因为丰臣秀吉之死和朝鲜战争的惨败，刚刚恢复秩序的日本又陷入了文吏派与武将派的纷争。德川家康（秀吉的大将）的嫡系部队因为没参加战争而丝毫未损，两年后关原之战爆发……德川幕府诞生。

    满清入关后，清朝国力鼎盛，日本人在200年间未敢轻举妄动。但清朝道光之后，国力急转直下，终于在1840年的鸦片战争中被英国人打败，中国进入了半殖民地半封建社会。中国在两次鸦片战争中的失败，既让日本看到了欧洲列强侵略的恐怖性，又让他们看到了新一轮挑战中国人的机会终于来了。明治维新（1868