为了及时补给陆军给养，日方九鬼嘉隆又派出了三路舰队侵朝，同李舜臣舰队在闲山岛前展开决战。闲山岛水深，利于朝军，一开始朝军就利用小规模攻势诱使日军进入包围圈中，待日军全部进入后，隐藏在闲山岛北的朝军主力立刻摆开了鹤翼阵，同时从正面和侧面击溃了日军。击破了59艘敌舰、数千日军，史称闲山岛大捷。这是被写入马汉《海权论》里的著名战例。之后李舜臣又在安骨浦完全消灭敌残余部队。

    7月17日拂晓，中日两国军队终于开始发生冲突。祖承训认为日军“蛮夷野人，安能与天朝大军抗衡哉？”轻率地调动全部兵力进攻平壤。当时连续降雨，道路泥泞，以骑兵为主的明兵很难施展威力。当冲入好像是空城的平壤时，立刻遭到了小西行长部的伏击。日军的火枪队发挥了极大的威力，戴朝弃、史儒当场身亡，其余兵将更是死伤惨重。祖承训一天之内退到大定江，然后撤回国内。平壤攻防战使本来对明朝尚有一定戒心的丰臣秀吉不可一世，立即派岛津义弘增兵朝鲜，企图从陆地支援小西、加藤、黑田部。

    出乎丰臣秀吉意料，大明朝10月17日任命李如松为防海御倭总兵官提督，大规模援助朝鲜。李如松43000大军于1593年1月3日进驻肃川，第二次平壤攻防战宣布开始。

    1月6日，明军包围平壤，次日总攻开始。小西行长占有地利，退缩在练光亭的土窟中用火枪不断射击，而李如松则凭借数量优势强攻，同时以火攻对抗。双方均伤亡惨重，连李如松坐骑也中弹而死。最后明军疲劳过度，被迫撤退。但小西行长同样筋疲力尽，无力再战。小西行长连夜率残兵跨过冰封的大同江，向南逃去。李如松派兵从后面追杀，又歼灭600余人。一共消灭了1646名日军、生擒5名，明军伤亡为796人。

    2月19日，明军进驻开城。加藤清正此时已经将其屠掠一空，焚城南逃。2月27日，李如松领两千人在汉城附近的碧蹄馆同日军发生遭遇战，幸亏大将杨元赶来救援，才退回开城。当时京城日军有4万多人，是日军的精锐部队，绝对数就比朝中联军要多。李如松决定先确保开城一线，一边等国内新增援兵，一边整顿朝中联军。明兵部尚书还主张和谈，而另一方面丰臣秀吉得知己军受挫，粮饷不足，疾病流行，也打算撤兵。双方不谋而合，虽然朝鲜国王极力要求复仇，但明朝还是决定和谈。

    3月22日，明使沈唯敬前往龙山同宇喜多秀家谈判，议定日军4月19日退出京城，明军随即进驻。5月2日，侵朝的日军大部分退到了釜山一带。丰臣秀吉不甘心就此失败，遂一方面在庆尚、全罗道修了18座城堡，一方面运用外交手腕，派小西如安前往北京递交日本的和谈条件，开始了长达四年的打打停停的“和谈”时期。

    鉴于日军可能不会再有大的军事活动，明军大半在1593年8月回到国内，只留下一万人驻守朝鲜。李舜臣被朝廷任命为三道水军节度使，实际上就是海军的总司令官，整饬军队，建造战船。而秀吉也不断地利用谈判时间补充兵力，运送武器给养，以备再战。

    明、日的谈判一直持续到了1596年9月，仍然处于僵局状态。秀吉认为日军已经有能力再战了，但首先他要设法除掉李舜臣。1597年1月，小西行长用秀吉的计策，派人在汉城散布谣言，陷害李舜臣，结果李舜臣被捕入狱，被押送到京城。

    得知反间计成功后，秀吉立刻于2月21日再度调动14万陆军和数万水军侵朝。从动员到集结就绪共花费5个月时间，在7月准备完毕。明朝因日本毁约大为震怒，也调动了川、陕、浙、蓟、辽的陆军和福建、吴淞的水军，再度援朝。

    7月7日，九鬼嘉隆要一雪前耻，一举重创元均为首的朝鲜水军，又配合陆军水陆夹击漆川岛的朝鲜水军，