共产党阵线发起的和平运动的情况，一怒之下，他辞职离开了校董会。他打电话给杜布里奇发牢骚，时间是清晨6：30。电话铃惊醒了还处于梦中的杜布里奇。麦科恩对着他愤怒地责骂鲍林是一位大逆不道的化学家，接着就咔嚓一声挂上了电话，随后又给其他校董打了电话。有些态度比较温和的校董对麦科恩这次发牢骚很反感，因此不愿意跟他继续谈下去。这样，麦科恩退出了学校董事会。

    但是，时间到了1958年，杜布里奇听人说，麦科恩已被内定为斯特劳斯的继承人，即将担任原子能委员会主席。杜布里奇和他手下的物理系主任巴契，两个人都与原子能委员会有着许多业务上的联系。

    6月初，鲍林被请到杜布里奇的办公室。日常闲聊已没有必要，杜布里奇单刀直入回顾了许多令人痛心疾首的事情。接着，他对鲍林说：“你应当清楚，科学并不意味着你一定要以国际问题的权威自居。”鲍林重申，在自己认为是至关重要的问题上，他有发言权。两人都承认，鲍林使学校卷进了许多麻烦事。杜布里奇再次要求鲍林收敛一下自己的活动，然而遭到鲍林斩钉截铁的拒绝。但是，杜布里奇需要向校董们出示自己的保证，表明鲍林在某种意义上仍然是受到约束的。杜布里奇想起了一年以前鲍林曾主动请求辞去系主任职务的事，因而随口说了一句：“现在我想可以答应你这个要求了。”鲍林马上立起身来，走了出去。

    鲍林担任化学系系主任已经二十多年了。毫无疑问，无官一身轻，他终于可以摆脱这类使人头疼的行政事务了。的确，这是他本人在一年以前主动作出的抉择，辞职以后，他就能用更多的时间投身于和平的事业。

    6月10日，他上书杜布里奇说：“自己担任系主任职务……已有21年了，我认为应当把这副担子交给另外一个人……请允许我利用这一个机会，再次向您和学校董事会表示衷心的感谢。你们给了我这么好的机会，使我在过去的光阴和未来的岁月里继续在加州理工学院进行科学研究的工作……作为学院教职工队伍的一员，我感到高兴，同时我也希望在这里继续愉快地工作十年的时间。”

    不久以后，他的口气却有所变化。“我被要求辞去了化学和化学工程系主任的职务，辞去了克莱林化学实验室主任的职务，”鲍林说道，“我也就真的辞职了。”