前四愿，依药师如来的自证功德，利乐众生；此下，因众生有了缺陷，苦痛，需要援助救济。上来是与乐，此下是拔苦。药师如来对苦难众生的悲济，以及消灾免难，将由这第五大愿起，逐一显示出来。

    此愿说：将来成佛时，假「若有无量无边」的「有情」，「于我」药师佛的正「法中」，「修行梵行」。梵行，

    1.约一般意义说，指一切清净行（梵是清净的意思）；

    2.约特殊意义说，专指出家的不淫戒；

    3.约中义说，凡佛所制的戒行名为梵行。在药师佛土的净法中修行、受戒：不问所受的是比丘戒，或是沙弥戒，或五戒，或菩萨戒，凡参加过药师法会，听闻药师圣典，称念药师名号的众生，「一切皆令」获「得」圆满的「不缺戒」。缺就是犯戒或仅持一分；不缺即能圆满受持。比方受五戒，全部都持守得严格、清净，便是不缺；若祗能持得三四戒，或部份犯轻垢罪，即是缺戒。仗药师慈光威德的加被，受戒，或受戒而有所缺犯的，都能得圆满受持。而且，都能「具」足大乘菩萨的「三聚戒」。

    三聚戒：

    1.摄律仪戒，即五戒、十戒、二百五十戒等。

    2.摄善法戒，如修布施、持戒等六度四摄。

    3.饶益有情戒，大乘菩萨一切要以利益众生为前提，若但为自利而不利他，即是犯戒。能依药师的净土法门去修，即能得到三聚戒的圆满不缺。佛法中受戒，先是未受令受，已受的令守。受了戒以后，不一定能清净严持，这是多数人难免的现象，即在佛陀时代，有的圣者也还有不能圆满受持的，何况一般烦恼深重的凡]夫？因此，佛法中有忏悔法门。如祗知受戒而不持，或有所犯而不知忏悔，即难得清净。所以药师如来本愿，更进一步地说：「设有」众生「毁犯」了禁戒，但由听「闻」了「我」佛的「名」字，「还」可「得」到「清净」。清净就是罪障消除；罪业消除，自然就「不堕恶趣」了。

    恶趣，即地狱、饿鬼、畜生的三恶道。众生因闻佛的圣号，而如法忏悔，便得免堕三途，这是药师如来的慈悲与方便，也是为了忏悔业障。称佛名号，戒行能重获清净，是方等大乘的忏悔法。然并非一听佛号就等于忏悔，必须一心一意的持佛圣号，对过往错失，至诚发露忏悔，礼拜，供养，时时摄心于佛号佛德上。久而久之，罪业自然消除，内心感受佛的光明，恢复了本来的德行清净。

    庚六诸根具足愿

    『第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、喑、哑、挛、躄、背偻、白癞、癫狂、种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。』

    药师如来的第六大愿说：将来成大菩提时，「若」有「诸有情」，因罪业所感，致使报「身下劣」，眼「等诸根不具」足。下劣即身体矮小或衰弱，或身分不称，头大身小，身长足短，以及种种畸形。诸根不具，有外表的，如眼耳损坏，或手足残缺，或缺唇烂鼻等等；有内在的，从外表看来，身体各部完全无缺，可是事实上，耳鼻等失其功用，已属残废。还有，「丑陋」是根身的相貌不端严。「顽愚」是意根的不懂事理。眼不见物的瞎子叫「盲」；耳根失灵，听不到声音，叫「聋」。「喑」是喉音嘶沙，语音不亮。「哑」是不会说话的哑巴。「挛」是瘸手。「躄」是跛子。「背偻」即驼背。「白癞」是大痲疯。「癫狂」即神经反常。这「种种病苦」，是世间最难医治的残疾，但听了药师如来的「名」号，或一心称念，或礼拜供养，蒙药师如来功德威力的加被，「一切皆得」到救治。令身相丑陋的转为「端正」；顽愚痴暗的也转为「黠慧」。「诸根」损缺的，也都「完具」起来。总之，挛躄等一切的疾病，受药师如来威德力的加被，也得彻底治疗，再也「