家乡沦陷后绝食十天以身殉国，临终留下遗言给顾炎武：“无为异国臣子，无负世世国恩。”这也成为顾炎武一生的信条，永远都不会屈服清朝的统治。同年五月份，顾炎武举家移到常熟的语濂泾，开始了他的颠沛流离的游历生涯。

    在那国破家亡的岁月里，他曾十下南京拜谒明孝陵，北上山东、河北，特别对河北的形胜之地做了广泛的实际调查，重点关注了山海关、居庸关、昌平、古北口等地，并多次哭吊位于昌平的明十三陵。经过多年的努力，山东、河北的地理形势，都一一装到他的胸中了。《营平二州地名记》、《昌平山水记》等许多军事地理名著，就是在这段时间里面写出来的。

    166年，顾炎武从河北、北京到山西、陕西游历。在这之后他再没有回过苏州故里。他最后一次南归江苏，是在1667年，从山东到淮安，并刻录他的著作《音学五书》。他用了三十年的光阴，完成了这篇音韵学巨著，更提出不同于当代其他学者的观点：“读九经自考文始，考文自音始。”此书原原本本地描述了音韵的变迁过程。后来的戴震、张惠言等提出的四声，都是根据顾炎武这本书加以发展而来的。

    顾炎武到了陕西后，他不顾年高体弱，游历了关中的山山水水。晚年，他在华阴买了土地五十亩，决定就在那里垦荒。他认为华阴形势很好，退可守，进可攻，大可经营一番。他的一个侄儿从家里来信，认为陕西天气寒冷，土地也不肥沃，劝顾炎武回江南去。顾炎武回信说：“这里的百姓爱读经书，特别尊重德行高尚而不爱做官的人，并且敢讲真话，和其他省的人大不相同，这是大有希望的百姓啊！华阴地处山西、陕西、河南三省的交界处，地势险要，消息灵通，一旦天下有事，十里远的地方可以屯兵守险。大军东出潼关，争夺天下，实在有高屋建瓴之势啊！”这封信可以看出，直到晚年，顾炎武朝思暮想的，依然是反清复明的大业。

    康熙十七年，当时朝议以撰修《明史》，特开博学鸿词科，征举海内名士。许多江南文士都不得不低下高贵的头颅，屈膝出去做官，顾炎武的同乡叶方霭等人也联合举荐他出来，顾炎武回信严词拒绝。第二年清廷还不死心，让主持编写《明史》的大学士熊赐履派了两个差人来到华阴，请顾炎武到北京做他的助手，他毫不迟疑以死自誓，“唯办刀与绳”。是啊，顾炎武的嗣母王氏，他的两个兄弟，好友吴同初、潘田力和吴炎等都死于这场战争，多少亲朋战友为了明朝都慷慨就义了，面对清人的诱降，顾炎武毫不退缩地选择不合作，宁可从容赴死。“民不畏死，奈何以死惧之？”这就是他一生标榜“行以有耻，博学于文”的真实写照。

    顾炎武不与清政权合作的立场是非常明确的。他不与清朝的名公巨卿有所交往，即使与自己的亲外甥，时任清政府高官的徐乾学弟兄，也很少走动。有一次，徐乾学坚持邀请舅舅到家中做客，他无奈去了，但拒绝饮宴，以表示不食清禄之义。后来徐乾学兄弟在江南替他买田置地，多次请他回故乡养老，顾炎武始终不肯南归。1680年，顾炎武原配王硕人于昆山病故，顾炎武吩咐仆人买来香烛等祭品，布置好妻子的灵位。他恭恭敬敬地拜了几拜，痛哭失声。“贞姑马鬣在江村，送汝黄泉六岁孙。地下相逢告父姥，遗民犹有一人存。”这是顾炎武悼念妻子的诗。大意是：妻子逝世在遥远的江南小镇，送妻子入土为安的仅有六岁的长孙。在地下你见到年迈的父母，请禀告二老：明朝的遗民还有我这个人。这一年顾炎武已经六十八岁了。

    “天下兴亡，匹夫有责”，顾炎武作为一个江南文人竟然留寓北方达二十多年，游历北方大地，无非是为了乘机而起推翻满清统治，其民族气节一直以来激励很多志士仁人。他的学问更是开了清朝朴学的先河，强调实用主义，反对理学的“明心见性”，都是旗帜鲜明的。