虽然他的统治只有三年，但这一时期却极其重要。他和诺曼人媾和，从而减轻了教廷对皇帝的依赖，在他掌教期间，教皇的选出是由一项教令来决定的，按照这项教令选举首先由罗马市郊六个红衣主教管区的红衣主教们进行，然后再经由其他主教，并最后通过罗马城中的僧侣及市民。据人推测，僧侣及市民的参与，只是形式而已。实际上教皇的选举者只是罗马市郊的六个红衣主教。如果可能，选举必须在罗马举行；但如遇有困难或不适宜在罗马举行的情况时，也可以在其他地方举行。

    在整个选举过程中皇帝是没有份的。这项教令经历了一场斗争之后才获得人们的承认，它是使教皇制脱离俗界控制的一个必要的步骤。

    尼古拉二世严格执行了一项教令，确定今后凡经由圣职买卖而获得的圣职一概无效。但该项教令并不追及既往，因为这样作就势必牵扯到大多数在职祭司的任职问题。

    尼古拉二世任期内，米兰开始了一场有趣的斗争。该地的大主教追随安布洛斯的传统对教皇要求了一定程度的独立自主。他和他的僧侣联合了贵族阶级，坚决反对革新。商人和下层社会，与此相反，希冀着僧侣的虔诚；这时发生了支持僧侣独身运动的一些暴动和一次名叫帕塔林，反对大主教及其支持者的强大革新运动。为了支援革新教皇于公元1059年把赫赫有名的圣彼得·达米安作为自己的代表派往米兰。

    达米安是《论神的全能》一书的作者，该书主张说上帝能作出与矛盾律相反的事物，并能撤消过去（这种见解曾受到圣托马斯驳斥，并自此不再属于正统教义）。他反对辩证法，并把哲学说成神学的侍婢。有如我们所知，他是罗穆阿勒德隐士的信徒，素来厌烦处理事务性的工作，然而他的圣洁，却是教廷可贵的财宝，致使教廷不遗余力地争取他协助革新运动，而他也终于听从了教皇的劝说。公元1059年他在米兰的僧侣集会上作了一次反对圣职买卖的演讲。起初听众们激怒得几将危害他的生命，但他的雄辩终于感动了他们，使他们一个个恸哭流涕地认了罪。而且还约定自此效忠于罗马。在下一位教皇的任期内，皇帝与教皇关于米兰教座发生了一次争端，在这次争端中，教皇由于获得了帕塔林派的支援，取得了最后的胜利。

    公元1061年尼古拉二世死去时，亨利已经成年了。他和红衣主教间发生了一场有关教皇继承问题的争执。皇帝从未承认有关教皇选举的教令，同时也不准备放弃他在选举教皇事宜中的权利。这场争执持续了三年之久，但最后还是以红衣主教们的选择成为定局。皇帝与教廷之间并未进行决定性的实力较量。形势之所以一变，主要是由于红衣主教们选出的这位教皇的卓越的品德。他是一位既有德行又有经验的人，除此之外还曾受业于朗弗兰，亦即以后的坎特伯雷的大主教）。公元1073年这位教皇，亚历山大二世死去了，继他选出的是希尔得布兰得（格雷高里七世）。

    格雷高里七世（1073—85年）是历代教皇中最杰出的人物之一。他早已显露头角，并对教廷政策给予很大影响，正是由于他，教皇亚历山大二世才为征服者维廉征服英格兰的企图祝了福。他还褊袒过在意大利和在北方的诺曼人。他曾是为了制止买卖圣职首先买到教皇职位的教皇，格雷高里六世门下的被保护者；教皇格雷高里六世被废后，希尔得布兰得过了两年流亡生活。他余生的大部分时间住在罗马。他不是一个有学问的人，他却从他素所崇拜的英雄，大格雷高里间接学到了圣奥古斯丁的教义，并为此受到极大鼓舞。当他作了教皇以后他相信自己是圣彼得的代言人。这曾给予他某种程度上的自信，但这种自信若以世俗尺度去衡量则是无从首肯的。他认为皇帝的权威也是出于神授：起初，他把皇帝和教皇比作两只眼睛；当他和皇帝发生了争执以后，他便把二者比作太阳和