所要的是属于我的东西，例如我的地亩、金钱或诸如此类的私有物，虽然我所有的一切早已属于穷人，但我绝不拒绝，然而凡是属于上帝的却不隶属于皇权之下，’假如需要我的世袭财产，那么就请没收；如果要我的身体，我立刻就去。你们要把我投入缧绁呢，还是把我处死呢？我都将欣然承受。我既不想借着群众来保护自己，也不想抱住祭坛哀求性命；我宁愿为祭坛丧掉生命。‘当我听说武装部队被派往巴锡里卡进行强占的时候，我当真极为振骇，深恐民众在保卫巴锡里卡时会引起一场屠杀，那就会为全城带来危害。我祈祷上帝别让我活着见到这样一座大城，或整个意大利，遭到毁灭。”

    这种恐怖并非言过其实，因为哥特人军队很有逞凶蛮干起来的可能。正如二十年后他们在劫掠罗马时所干的那样。安布洛斯的强硬有赖于群众的支持。有人斥责他煽动群众，但他回答说：“不去激动他们是我权限以内之事，但使他们平静下来却在于上帝的掌握。”据安布洛斯说，因为市民中间没有一个阿利乌斯教派，所以阿利乌斯教派中谁也不敢挺身而出。当局正式命令他交出巴锡里卡，军队也接到命令在必要时使用武力。然而他们终于拒绝使用武力，于是皇帝只好被迫作出让步。在争取教会独立的斗争中取得了一次伟大的胜利；安布洛斯证明国家在某些事务上必须服从教会，并借此建立了一项直到今日仍具有重要性的新原则。

    接着他又和狄奥多修斯皇帝发生了一桩冲突。有一所犹太人会堂被焚毁了，东罗马的伯爵报告说这事出于当地主教的唆使。皇帝敕令惩罚现行纵火犯；同时责令该主教重建这所犹太人会堂。圣安布洛斯既未承认也未否认该主教的共谋；但对皇帝有左袒犹太人反对基督徒情事甚表愤慨。设若该主教违抗命令并坚持到底，那末他将要变为一个殉道者。假如他屈服，那末他将要变为一个叛教者。假如伯爵决定用基督徒的钱来重建犹太人会堂，在这种情况下，皇帝就要有一个叛教的伯爵，而基督徒的钱财就要被用来支持异端。“难道应该掠夺教会的财物用来为犹太人的不信建立一所会堂吗？难道应该把因着基督的恩赐，给基督徒带来的教会基金移交给不信者的钱库吗？”他继续说：“噢，皇帝陛下，大概这是为了维持法纪而促使你这样做吧。然而在显示法纪，与宗教的大义名分之间究竟哪一项更为重要呢？审判是需要服从宗教的。噢，皇帝陛下。您没有听说过吗？当朱利安皇帝敕令重修耶路撒冷圣殿时，整理废墟的人们曾为烈火焚尽了吗？”

    很明显，圣安布洛斯的见解认为，犹太人会堂的焚毁是不该受到任何处分的。这就是教会在获得了权力之后，立即开始煽动反闪族主义的一个范例。

    皇帝和圣安布洛斯间，下一次的冲突给后者带来了更大的威望。公元390年，当狄奥多修斯皇帝在米兰的时候，帖撒罗尼迦地方的暴徒，杀害了当地驻军的指挥官。狄奥多修斯得讯后气忿得无以复加，下令进行了一次骇人听闻的报复。当群众被集聚在竞赛场时，军队突然袭击他们，毫无差别地屠杀了至少七千人。圣安布洛斯事先曾设法谏止皇帝这样作，但却毫无成效。于是他给皇帝写了一封义正辞严的信。这是一封涉及纯粹道德问题，丝毫未曾涉及神学或教会权力问题的信件：

    “在帖撒罗尼迦人的城里发生了一件由我事先未能阻止的史无前例的事，事前我曾屡次谏止，当时我已说过这事当真是极其残暴的。”大卫曾屡次犯罪，而且屡次忏悔认罪。狄奥多修斯是否也要这样作呢？安布洛斯作了以下的决定：“假如陛下幸临，我是不敢献祭的。既然使一个无辜者流血之后都不能献祭，难道而今在使众人流血之后倒能献祭吗？我认为这是断然不可以的。”

    皇帝忏悔了，在米兰教堂里脱下紫袍，当众举行了忏悔式。自从那时期一直到公元395年狄奥多修斯逝世