903年），朱全忠劫昭宗回长安，杀死宦官七八百人。朱全忠为了进一步掌握和控制唐政权，又令诸道杀监军，除河东监军张承业等少数人得到节度使保护外，其余监军全部被杀。宫中事无巨细皆归其掌握，左、右神策军和所属八镇归亲信崔胤统率，依附李茂贞和宦官的大朝官也一概杀逐，朝中的各级官员全是朱全忠的党徒。朱全忠在朝中专权已达到登峰造极的程度。

    朱全忠跋扈朝廷，人人自危，宰相崔胤本依附朱全忠得以保住相位，当朱全忠控制了唐昭宗以后，他又企图建立自己的实力，以防不测。天复三年，崔胤征得唐昭宗的同意，募精壮兵6600人，作为朝廷的卫兵。朱全忠闻知后，暗中派出壮士应募，所以崔胤加紧训练兵卒、准备武器谋算朱全忠的事情，都为朱全忠所知。

    天祐元年（公元904年）初，朱全忠密令其党徒杀死崔胤，另用裴枢、柳璨等人为宰相。朱全忠率师屯河中，遣牙将寇彦卿奉表请昭宗迁都洛阳。他令长安百姓和居民随昭宗迁居，导致民心骚动，月余不息。朱全忠怕诸王及昭宗随从有变，便将昭宗左右前后侍卫，全换成自己的亲信充当。唐昭宗行至陕州，秘密派人请求西川王建、淮南杨行密、河东李克用起兵相救。李克用、李茂贞、王建等见昭宗被迁洛阳，知朱全忠有篡夺之心，遂联盟兴兵，以兴复唐室为名，欲起兵讨伐朱全忠。朱全忠决定除掉昭宗，以绝人望。八月，唐昭宗被朱全忠的亲信朱友恭、蒋立晖所杀，时年38岁。群臣上谥曰“圣穆景文孝皇帝”。次年二月二十二日，葬于和陵。