脱离原始状态的民族，孝文帝为使缺乏文化素养的鲜卑贵族的政治社会地位不低于汉族士家大姓，实行只认门第而不重才学品德的姓族制度。姓族制度为贵族官僚们保障着世袭特权，因而也保障着贪官污吏们谬种遗传。元恪认识到了这一点，想予以矫正，但他两下诏书，却互相矛盾，改革门阀制度的动议，竟滑稽地演化成一条巩固门阀制度的政令。

    元恪在位的后半期，外戚高肇专权，朝政更加腐败。高肇是元恪母亲文昭皇太后（高夫人）的哥哥，是个不学无术而胸怀邪恶的人。元恪做了皇帝，封高肇为平原郡公，封高肇的弟弟高显为澄城郡公。高肇、高显原先生长在边远地方，受封爵之日，在皇家花园初次拜见外甥皇帝时，神情紧张，举止很不自然。然而转瞬之间，就富贵显赫起来。高肇很快就充任起帝国宰辅重臣。由于首席辅政亲王元禧的谋反，元恪便渐将对亲王们的信赖，转移于舅氏高肇一人。出身卑微的高肇对皇族亲王们满怀嫉恨，他利用外甥皇帝的宠信，先进谮言逼杀了位居其上的北海王元详，同时要元恪对诸亲王严加防范。京兆王元愉对高肇的擅权不满。永平元年（公元508年）八月，元愉在冀州刺史任上谋反，他宣称得到密报说高肇谋杀了皇帝，在信都城南举行祭天大礼，宣布自己即位当皇帝。元恪派大兵镇压了弟弟元愉的反叛。在讨伐元愉期间，高肇又收买小人诬构彭城王元勰暗通元愉谋反。九月的一天，元勰也被迫饮下元恪“赐死”的毒酒。

    三、残害皇族身死皇宫

    元勰的无辜被害，使朝廷内外莫不丧气。元恪叔祖亲王元匡指斥高肇凭藉权势与夺任己，简直与指鹿为马的赵高相差无几。趋附高肇炎势的朝官们立刻攻击元匡，说元匡“诬毁宰相，讪谤明时”，罪当处死。这一次元恪发慈悲“恕”了叔祖亲王元匡的“死罪”。清河王元怿是元恪的弟弟，他向元恪慷慨陈辞，斥高肇是僭乱朝政的大奸臣。元恪只是笑而不答。曾受孝文帝遗命辅政、也是元恪叔祖的任城王元澄，担心高肇构祸于己，于是整天佯狂昏饮，以表示自己的荒败。

    官吏贪暴，政治黑暗，加之连年发生旱涝自然灾害，迫使人民起而抗暴。在元恪统治的16年中。就有10次以上反抗暴政的人民起义。太和二十三年（公元499年）十一月，幽州人王惠定聚众起义，自称“明法皇帝”。正始三年（公元506年）春，秦州民众起义，定年号为“建明”。延昌三年（公元514年）十一月，幽州沙门刘僧绍聚众起义，自号“净居国明法王”。但这些起义均被镇压。

    延昌四年正月，元恪在他统治帝国的第17个年头刚刚开始的时候，病死于皇宫式乾殿。谥号为“宣武皇帝”，庙号“世宗”。