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只剩下蒙古贵族哈马鲁丁,他们躲在一个边城中,准备寻机逃回伊犁。
帖木儿和忽辛本可以将伊利亚斯一举歼灭,之所以没有这样做,问题出在忽辛身上。这个哈兹罕钟爱的孙子一心想恢复乃祖在世时的强权与荣光,因此,自从他和帖木儿据守撒马尔罕之后,他便以主人自居,不但任何事情都不同帖木儿商量,还处处排挤帖木儿,帖木儿实力不如忽辛,不得不忍气吞声,主动退守碣石城。
帖木儿和忽辛的矛盾使伊利亚斯和哈马鲁丁得以苟延残喘。
次年,帖木儿感到他本人已经有足够的能力驱逐伊利亚斯,遂引兵攻打边城,他首次运用了成吉思汗攻城时经常运用的武器和器械,在强大的攻势下,总指挥官比吉节战死,伊利亚斯和哈马鲁丁弃城而逃,边城落入帖木儿手中。
帖木儿并不想放过伊利亚斯,乘胜追击。途中,哈马鲁丁发动叛乱,杀死了伊利亚斯,带着残余力量一路败回东察合台汗国。此后,这个弑主自立的人进一步攫取权力,成为东察合台汗国的主人和帖木儿的敌人。