后（一八六七），阿古柏政变，把布士尔克逼下宝座，送去阿拉伯半岛麦加朝圣。阿古柏登位，称毕调勒特可汗，建立哲德沙尔汗国。一八七○年，阿古柏北伐，攻陷乌鲁木齐，当了七年王的妥明在逃亡途中死掉，阿古柏遂统一了新疆全境，只伊犁（新疆伊宁）地区除外，伊犁于一八七一年被俄国突击占领。

    阿古柏的庞大汗国很快的就跟英俄两国缔结通商条约，又跟当时伊斯兰教教主苏丹所统治下的土耳其帝国，建立密切关系。二百万平方公里的新疆，事实上已与中国脱离。

    一八七三年，甘肃回变结束，陕甘总督左宗棠向中央要求收复新疆。新疆这时脱离中国已经十年，分裂的形势已经形成，清政府高级官员对这个棘手问题，像对一颗病牙一样，小心翼翼，没有人敢去碰它。如今左宗棠提出收复国土的严正主张，使他们不得不正视现实。当权的高级官员分为两派，一派称海防派，以讨伐捻军的安徽兵团（淮军）首领李鸿章为主，认为中国的外患，来自海洋，所以主张加封阿古柏为国王，使他像朝鲜、越南一样，永作中国的藩属，也就是说，这一派主张把新疆放弃。另一派称塞防派，以湖南兵团（湘军）首领左宗棠为主，他在给中央政府的报告上说：“保卫新疆就是保卫蒙古，保卫蒙古就是保卫北京。”他和他的朋友主张必须收回新疆。

    最后塞防派胜利，一八七六年，左宗棠的西征大军攻克乌鲁木齐，天山北路光复。英国驻北京的公使乌亚德要求清政府允许阿古柏独立，以保持中亚的和平。这时清政府已不敢再把外国当作夷狄，而且已逐渐生出一种恰恰相反的自卑感，对所有外国，尤其对英国，心怀畏惧。连中国驻英公使，在当时思想最新最进步的郭嵩焘，也都同意这是一个妥善的办法，以免触怒英国。但左宗棠竭力反对，他说：“英国爱护阿古柏如果出于真心，为什么不把印度割让给他？”

    明年（一八七七），左宗棠的西征大军越过高插云霄的天山山脉南下，阿古柏无力抵抗。而浩罕王国在前一年已被俄国并吞，阿古柏也得不到外援，进退失据，就在库尔勒城服毒自尽。他的儿子们跟四世纪大分裂时代后秦天王姚兴的儿子们一样，大敌当前而仍拒绝团结，反而誓不并存，互相残杀。结果在内斗中胜利的一方——阿古柏的两个年轻儿子和三个孙子，被左宗棠的西征大军捕获，用酷刑磔死。

    新疆脱离中国版图十四年之后，再入版图。

    ——回溯十五肚纪交趾省（越南北部）因民变而永远失去的往事，阿古柏跟黎利没有两样。新疆面积十倍于越南北部，最后仍回到中国，主要靠塞防派一批英雄坚定的立场和左宗棠以下将领们卓越的军事指挥。历史上得失之间，往往间不容发。

    ——中亚所有的独立王国，在本世纪（十九）全被俄国征服。阿古柏以一个浩罕人在中国国土建立汗国，即令中国同意，我们用历史眼光可以断定，俄国必然的尾追而至。俄国对阿古柏，不会比对哈萨克王国或对浩罕王国更尊重。