纳入到一个综合的解释体系中。在许多领域，达尔文主义都已经对自然的一般特征作出了可以验证的预测。可能在一些特定的领域，达尔文主义似乎没有作出正确的解释，但是也有许多科学理论，尽管有少量事实显然可以证伪它们，却仍然取代了成功。尽管牛顿的万有引力理论在说明水星的轨道时不对，但是人们还是接受了这个理论，因为在其他许多领域，已经证明可以用这个理论来指导研究。我们不能期望有一种现行的理论可以对所有可以想到的问题作出正确的回答。

    关于达尔文主义对生命历程中特定发展的解释，鲁斯承认并非总能提出可检验的假说。他指出，不过化石中的一般趋势符合达尔文主义的理论。可以想象能够证伪整个过去进化图景的发现，例如，假如在更古老的地层中发现出人类的化石。至于进化中的一般趋势，比如说明体型普遍增大的“科普律”，能否精炼成真正的具有预测能力的自然规律，还存在着争议。由于时间尺度的问题，这类规律不可能通过实验来检验，但是可以通过在化石中的进一步发现来检验它们。鲁斯指出，即使对于特定的适应解释，有时也是可以检验的，因为这种假说都是基于生活中类似的适应例子。面对这些异议，波普本人软化了对达尔文主义的看法(Pop per，1978)，但是在最近几年，生物学内部生发出十分相像的攻击。

    最新的异议来自分类学当中一个叫做“分支系统学”的新学派。“分支”这个词是朱利安·赫胥黎1957年提出来的，用以表示进化树中上的一个分支。这项分类中的新技术是由威利·亨宁希发明的(henning，英译本，1966），他坚持认为，要想尝试表示进化关系，就必须将注意力放在分支过程上，忽略那些与分支无关的变化。“分支系统学”这个词是由反对这场运动的一个人，恩斯特·迈尔引入的，亨宁希的追随者不太愿意接受这个词。虽然亨宁希对于传统的达尔文主义的分类与进化联系方式发出挑战，但是他并不认为他的技术是表示进化关系的一种方式。最近的几年，一些比较激进的支持这项新技术的人认为，即使不考虑进化，也可以表示类型之间的关系。这些“修正分支系统学家们”宣称，祖－裔联系是进化上至关重要的关系，但是从祖－裔所表现出来的关系中，无法得出它们之间的进化联系。这是对达尔文主义的一种直白的批评，他们试图将指责再扩大一些，认为对生命过去历史的重建是不科学的，而且他们非常热心地利用了已有的一些反自然选择论点。

    亨宁希认为，生命类型组成了组合这种现象只能说明进化过程中的分支是规则的。正统的进化分类学显然也会考虑到这个问题，而且所有的进化论者都认识到他们可以利用分支系统学方法提供的更精确方式来表示他们所感兴趣的一些关系。然而，进化论者还要考虑到其他的因素，主要是变化在发展过程中的变化程度。如果一个分支和其祖先相比发生了很大的变化，就应该认定，现在位于该分支末端的类型，要比那些没有什么变化的分支末端类型，在分类排列上占据更高的位置。亨宁希认为知道变化的程度没有用，在考虑建立自然组合时，只能利用分支。他用“分支图解”了表述这些关系，在分支图解中，分支显示出真正的组合构成。对共同祖先的描绘是通过确定具有衍生性状组合来进行的，衍生性状指的是只在该组合中发展而来的性状，并不涉及到共同的原始性状(那些从更早的祖先衍生来的且其他组合也有的性状)。分支系统学通过使系统分类学家认识到一个组合中共同性状的重要性，从而提供了更加精确的方法来确定那些对于分类是最重要的特征。然而，分支系统学家坚持认为，将由一个共同祖先衍生而来所有分支归为一个组合，会破坏已经确定的动物界中的传统划分。例如，按照分支系统学，爬行动物并不构成一个单独的纲，因为爬行动