后，高岗按中央决定到伊盟开辟根据地，被任命为伊盟工作组长(一说陕北省委书记)带骑兵团开进长城线的陕北和伊盟边界。抵抗日寇从绥蒙而来，他带领的骑兵团基本是一个空架子，挂着中央军委直属陕北骑兵团的番号，原骑兵团人马武器抽得七零八落，只有十几人、马、枪，人马靠自己扩，枪支全靠他自己从敌人手里夺。

    开展创建三边和伊盟根据地几乎是“白手起家”。高岗到靖边由曹动之、吴亚雄和郝玉山、马腾保的游击队给调一些人马和武器。开辟伊盟地区力量单薄，装备极差，供给困难，没群众基础，开展工作困难可以想见。可“左”倾路线执行者都担任重要职务，还说什么“中央刚来，不了解陕甘、陕北的情况”，想方设法把真实情况隐瞒起来，歪曲历史，欺骗中央。他们向中央党务委员会夸功说他们创造了十五军团，把自己打扮成陕北红军和苏区的创造者，将“肃反”错误全推给聂鸿钧、戴季英，与他们没有责任。党务委员会讨论出狱同志的党籍时，有人仍认为刘志丹、高岗等“存在右倾取消主义及对反革命自由主义态度。”在他们的干扰下，使平反工作留下一条尾巴。贾拓夫到关中任特委书记要高岗任司令员时，有人说“他没能力，做不了。”毛泽东叫高岗任陕北省书记，他们在张闻天、毛泽东等中央领导跟前嘀嘀咕咕说高岗的坏话，毛泽东气愤地说：“在实践中考验，他是真革命，会为抗战奋斗，为人民服务；是假革命让他们跟敌人跑去”。1945年秋，西北局高干会上座谈西北历史问题时，马文瑞说，实际上象苏武牧羊，把高岗“流放到沙漠草地。”