庭抗礼的阴影仍然盘踞在总统府上空。李宗仁后来对他的口述自传纪录者唐德刚抱怨说：蒋介石要求他穿军装，这使得走在蒋介石身后一步半距离的李宗仁看上去像是总统的侍从官，而不是副总统。

    1949年1月21日，蒋介石宣布下野，由副总统李宗仁任代理总统。这种局面既是由于国民党军队在军事上的节节败退，也是由于党内对他的压力愈发增加，尽管这种压力从来不能动摇蒋介石在国民党和军队内深植的根基，但却促使他像在曾经的政治生涯中所作的那样，采取以退为进的举动，将头衔和职务交卸给倒霉的继任者，自己冷眼旁观，并且等待出山收拾残局。

    但是这次这位老谋深算的政治家没有再能回到他在长江路292号的办公室。在李宗仁谋求和中国共产党进行划江而治的谈判失败之后，中国人民解放军发起了渡江战役。长江天堑并未能够带给总统府太多的安全感，1949年的4月23日，解放军占领总统府。

    当他们进入总统府后，并未遇到任何形式的抵抗。十几名留下的总统府卫兵也没有佩带枪械。唯一的枪声发生在年轻的解放军战士看到墙上悬挂的蒋介石画像时，两名战士端起枪对着画像设计，长久以来他们都被灌输着对这名将军的愤怒和仇视。

    然后，他们迅速转移到总统府的建筑顶端，将仍然在黎明的晨光中飘扬的青天白日旗降下，换成象征着革命胜利的红旗。后来，画家陈奕飞根据这幕场景创作了他的名作《攻占总统府》，画面身着黄色军装的战士们奋力将鲜艳的红旗升上旗杆。

    不过在当时，随军的摄影记者邹健东已经拍下了那张著名的照片，战士们在总统府门楼上列队，欢庆胜利，他想使用这一幕来表示时代的变迁。的确，尽管中华人民共和国在1949年的10月1日宣布成立，但在总统府降旗升旗的瞬间，政权的转换已经完成。毛泽东在听到占领南京的消息后，为此兴奋地写了一首诗。他知道，他和他的政党，成功地埋葬了一个旧去的时代。